كثيراً ما يسمع المستخدم عن البرمجيات الخبيثة التي يتم تثبيتها عن طريق وحدات التخزين الفلاشية USB دون علمه. ولذلك نصح الخبراء بتعطيل وظيفة التشغيل التلقائي لوحدات التخزين الفلاشية بنظام التشغيل ويندوز، مع ضرورة فحصها قبل التشغيل عن طريق أحد البرامج الحديثة لمكافحة الفيروسات. ومن التهديدات الأخرى التي تحملها وحدات التخزين الفلاشية المصابة، هو عمل هذه البرمجيات كلوحة مفاتيح وهمية؛ ومن ثم تتمكن من تسريب المدخلات، وزرع الأكواد الضارة بنظام التشغيل. ونصح الخبراء المستخدمين الذين يكثرون بنقل وحدات ذاكرة التخزين الفلاشية USB بين أكثر من مصدر، بالاستعانة ببرنامج الحماية USB Keyboard Guard، الذي يعمل في الخلفية بشكل دائم. وإذا تم التعرّف على لوحة مفاتيح جديدة، فإن هذه الأداة المطورة من قبل شركة جي داتا تقوم بتعطيلها في البداية، وإظهار تحذير لكي يسمح المستخدم لها باستعمالها، إذا كانت لوحة مفاتيح حقيقية، أو يتم حظر الوصول إذا كانت مجرّد وحدة تخزين فلاشية USB خبيثة. وتقوم الأداة بتسجيل القرارات التي يتم اتخاذها بشأن الأجهزة التي يتم السماح بتشغيلها.